目前法院等司法機關(guān)選定鑒定機構(gòu)主要采用如下三種方式進行：

一、由司法機關(guān)指派，常見于法院指派：條件是原、被雙方都同意由法庭指派，如果成立，法庭可以選擇任何一個有資格的鑒定機構(gòu)。這種方式的優(yōu)點是法庭可以選擇水平高、信任度強的鑒定機構(gòu)，使法官在審判中更易把握。

二、采用隨機搖號選擇：條件是雙方?jīng)]有要求相同的鑒定機構(gòu)，則由法院搖號。這樣做的優(yōu)點在于選擇面寬，隨機性更大一些。而缺點在于參與搖號的鑒定機構(gòu)雖然同屬一個執(zhí)業(yè)資格類別的鑒定范圍內(nèi)，但是各個鑒定機構(gòu)分別都有自己擅長的方面，如果將某一專業(yè)領(lǐng)域的案子通過搖號的方式選定并非這一領(lǐng)域?qū)ｉL的鑒定機構(gòu)進行鑒定，終損害的可能還是雙方當事人自己的利益。

三、當事方共同選擇：條件是雙方都要求去一家選擇的鑒定機構(gòu)去鑒定，如果成立，法庭必須指派這個機構(gòu)，不能自由選擇。優(yōu)點是非常公平，雙方都能夠接受。但由于在訴訟活動中，爭議事宜的當事方一般矛盾尖銳而對立，因此讓他們達成一致共同的難度相對比較大，在中科檢測產(chǎn)品質(zhì)量鑒定中心的過往鑒定實踐中，采用這種雙方共同確認鑒定機構(gòu)的案例只有*的幾例。

無論是采用那種方式確定相關(guān)案件的鑒定機構(gòu)，鑒定機構(gòu)都必須向委托方（司法機構(gòu)、當事人）提供客觀、公正、科學(xué)的鑒定意見。如果當事人對鑒定結(jié)論有異議或者人民法院認為鑒定人有必要出庭的，鑒定機構(gòu)也有義務(wù)安排鑒定人出庭質(zhì)證或者對相關(guān)問題進行書面答疑。